Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM) IAIN Kendari sebagai lembaga pengusul/pendamping yang memiliki Visi dan Misi meningkatkan kuantitas dan kualitas penelitian serta melakukan pendampingan dan pengabdian kepada masyarakat. Secara kuantitas, LPPM IAIN Kendari memiliki ketersediaan sumber daya manusia yang memadai dengan latar belakang pendidikan Magister (S2 dan S3) dan memiliki keahlian dengan bidang keilmuan yang beragam (interdisipliner); ilmu-ilmu keislaman dan ilmu humaniora-sosial (humanities–social sciences), serta ilmu-ilmu sains dan teknologi. Secara spesifik, sumberdaya yang dimiliki LPPM IAIN Kendari saat ini adalah bidang Antropologi, Sosiologi, Psikologi, Fisika, Biologi, Kimia, Matematika, Hukum dan Ekonomi, Pendidikan selain ilmu-ilmu keIslaman itu sendiri. Hal tersebut sangat dibutuhkan bagi upaya-upaya penelitian, penerbitan, pengembangan, dan pengabdian masyarakat.
Selain itu, secara personal dan institusional, LPPM IAIN Kendari telah memiliki pengalaman melaksanakan kegiatan-kegiatan penelitian, pendampingan, dan pemberdayaan masyarakat dalam berbagai macam disiplin ilmu. Sejak awal berdirinya, LPPM juga telah banyak melakukan kerja sama penelitian dan pemberdayaan masyarakat dengan berbagai stake-holder di Sulawesi Tenggara. Misalnya dengan Kementerian Agama Provinsi Sultra, POLDA Sultra, Pemda Konawe, Pemda Konsel, Disperindag Provinsi Sultra, Bappeda Kota Kendari, Balitbang Provinsi Sultra, Pemda Kolaka, dan sebagainya dan kerja sama tersebut terus berlangusng dengan peluasan bidang kerja sama.
Dengan ketersediaan sumber daya manusia dalam berbagai disiplin ilmu maka LPPM IAIN Kendari memiliki peluang untuk menjadi mitra penelitian, pengembangan dan pengabdian dalam soal-soal yang sesuai dengan kebutuhan masyarakat, tidak hanya bersifat keagamaan tetapi juga pada soal-soal ekonomi, sosial, budaya, serta sains dan teknologi.
